penetrando en el territorio de lo que hoy es Nayarit, venciendo el imperio de lo que era Hicampa de Majakuari, hasta llegar a Hueixallan, (junto al gran arenal). En el año de 559 fundan el poblado de Xalisco, estado de Nayarit. De ahí siguieron para fundar los centros de población de Chimalhuacán de Atengo por el año 567 (país de los que usan escudo y arandelas), y, posteriormente, Tuxpan en 572.

En el año de 672, de acuerdo a los anales de Cuauhtitlan, hoy conocido como Tula, Hidalgo, los toltecas fundaron su metrópoli en donde, se dice, ya existía una antigua población otomí. Se ha escrito que Atemajac se asentó inicialmente en el valle del Joconoztle, perteneciente al Tlatoanazgo de Sayula o de Zacoalco, y al Hueytlatoanazgo de Colima. Atemaxaque fue cacicazgo del señor de Tzacoalco.

A mediados del siglo VIII, a consecuencia de las inundaciones de los ríos (en tiempos de lluvias) sus habitantes comenzaron a cambiar sus casas a 1 200 metros sobre el nivel del mar, (un tanto más arriba de su ubicación inicial)  y es aquí donde se encuentra actualmente el poblado.

Con la conquista, Atemajac quedó enclavado entre los pueblos de la llamada Provincia de Ávalos, nombre dado en honor del conquistador Alonso de Ávalos, quien durante su encomienda y a pesar de ser muy querido por los indios, mando a hacer una casa fuerte en un cerro ubicado al lado de Chichiquila, a poco más de media legua de Amacueca, con el propósito de resguardarse de cualquier ataque. Su temor se debía a que por estas tierras no se habían asentado muchos españoles y procuró asegurarse. Con la denominación de Tzaulan (“Lugar de moscas”), esta región se extendió desde la sierra de Tapalpa hasta las orillas del lago de Chapala, incluyendo las cuencas interiores de Atotonilco y Sayula, y las fuentes de los ríos Armería y el Ameca que desaguan en el Pacífico. Contaba con seis señoríos: Tepec, Amacueca, Atoyac, Techalotlán, Tzacualco y Teocitatlán. Las encomiendas eran: Atoyac, Cocula, Chulita, Tusitatlán, Caqualco y Cayula. De Tzaulan dependían los pueblos de Uzmaxaque, Apango, Atlalco y Chiquilixpan; de Amacueca los de Tepec, Tapalpa y Xalapa; y de Tzacualco, Atemaxaque.

De hecho la Provincia de Ávalos comprendía las alcaldías mayores de Zapotlán,  Amula, Tzaulán, Autlán y las subalternas de Etzatlán.

Los pueblos de Ávalos,  junto con la provincia de Colima, dependieron directamente del gobierno de la Nueva España hasta 1548, cuando por cédula del emperador, expedida en Alcalá, se estableció la Audiencia de Guadalajara.

La conquista espiritual corrió a cargo del fraile franciscano Fray Juan de Padilla. De la religiosidad indígena, el cronista Torres Pondera, comenta: “Noté en el pueblo de Atemajac de las Tablas, visita a Tapalpa, que cuando llegan a comulgar llevan en las manos sus cabos de cera encendidos, sin duda, para significar que como fieles siervos, reciben a su señor velando con antorchas ardiendo en las manos, conforme al evangelio”. Entre los años de 1490 a 1510, los habitantes de Atemaxaque participaron en la Guerra del Salitre contra los tarascos.

Las ruinas de la primitiva iglesia, construida antes de 1789, están en pie con la fecha de construcción esgrafiada en el arco de la fachada. La orden de franciscanos construyó la primitiva capilla llamada la Cruz de San Juan.

De 1868 a 1884, se construyó la actual iglesia cuyo patrono titular es San Bartolomé Apóstol, la cual fue inaugurada por el Arzobispo, Don Pedro Loza y Pardavé, y su primer párroco fue Don Mariano Cárdenas. Más tarde se construyeron las capillas de Santo Santiago y del señor de Ocotito, las dos de estilo colonial.

El 22 de noviembre de 1824, Atemajac pasó del Cuarto Cantón de Sayula al de Zacoalco, en atención al artículo 9º, adicionado al Plan de División Provisional del Estado, publicado en la fecha referida. En marzo de 1858, arriba a Atemajac el Presidente Benito Juárez, camino al puerto de Manzanillo, hospedándose en la casa de Don Mateo Vázquez (en la actualidad, en la finca se encuentra instalada una placa que testimonia el acontecimiento).

En el decreto número 81 del  de abril de 1884, Atemajac de las Tablas ya es mencionado como municipio.

El 25 de abril de 1903, por decreto número 997 del Congreso del Estado, la población de Atemajac de las Tablas del 4º Cantón se llamará en lo sucesivo Atemajac de Brizuela.

Tal designación fue en honor del Coronel Miguel Brizuela, cuya familia fue originaria de Colima, que contó como parte de sus miembros, a los Coroneles Mariano de la Madrid y Brizuela, hijo del Capitán Don Domingo de la Madrid y de Doña MaríaIldefonsa Brizuela; a Juan Antonio y Anastacio Brizuela, descendientes de Don Miguel Brizuela; al Capitán Rodrigo de Brizuela, hijo de Leonardo Rodrigo de Brizuela, natural de Castro viejo en Castilla; y a Leonardo Moncada Sevillano.

El Coronel Miguel Marcos del Rosario Brizuela, nació en la Villa de Colima en 1822, siendo sus padres Don Tomás Brizuela y doña Juana Nepomucena. Radicado en Atemajac, se casó con doña Ildefonsa Vázquez en 1860. Accionista y directivo de lafundidora de Ferrería de Tula, además de hombre de grandes ideas liberales, fue testigo de la llegada del Presidente Benito Juárez al pueblo de Atemajac en su camino al puerto de Manzanillo.

Para combatir a los invasores franceses, Don Miguel fabricó cañones, armas y parque, en auxilio de las fuerzas republicanas; luego convocó voluntarios para formar un batallón y organizar guerrillas, tomando la plaza de Atemajac en octubre de 1866.

Incorporado a las fuerzas del Coronel Corona, en la vanguardia del Coronel Eulogio Parra, comandó el 4º batallón de infantería de Ahualulco, en la batalla de La Coronilla (cerca de Acatlán), donde el enemigo quedó aniquilado y dejó abierto el paso a los liberales en su camino a Guadalajara; sin embargo, pierde la vida el 18 de diciembre de 1866, siendo sus restos inhumados en el Panteón de Atemajac y trasladados después a una cripta de la Iglesia.

En el pueblo se levantó un monumento en su memoria y en la plaza principal existe una placa conmemorativa en la casa donde vivió, la cual fue donada a la población por su nieto el General Manuel Brizuela Anguiano. El 8 de febrero, el Presidente de la República, Don Sebastián Lerdo de Tejada, asignó a la viuda del Coronel Miguel Brizuela, Doña Ildefonsa Vázquez, una pensión anual de $ 2,466.00, a la que tendría derecho al día siguiente de haber fallecido su esposo, “con arreglo a la ley del 7 de mayo de 1863”.

En el año de 1914, las fuerzas Carrancistas incendiaron el Archivo Oficial del H. Ayuntamiento.

Atemajac de Brizuela participó en el movimiento cristero, clausurando del mes de noviembre de 1926 al 29 de junio de 1929, el culto católico que se impartía en la parroquia a cargo del cura Juan González.

En 1928, para sustento de esta lucha, Juan Flores reclutó gente que militaría bajo las órdenes del General “Cristero”, Lucas Cuevas, que operaba en esa zona. Siguieron a Juan Flores los hermanos Juan y Bibiano de la Cruz, después se incorporaron Prisciliano Nazario, Marcos Martínez, Eduardo Nazario, Francisco Vallejo y José Luis Sedano, estos dos últimos muertos en combate en las localidades de Chiquilistlán y Cocula, respectivamente.

El 4 de mayo de 1928, Lucas Cuevas tomó la población que estaba ocupada por las tropas federales y quemó varias casas, incluyendo el Curato. Los federales refugiados en la torre del templo, fueron desalojados por los “cristeros” utilizando el humo asfixiante producido por la quema de chiles. Degollado Guízar anota en sus memorias, que el General Carlos Bouquet fue derrotado por el callista José Cortés Ortiz hacia marzo de 1929.

El 18 de diciembre de 1966, el Presidente Municipal de Atemajac, Don Fidel Mendoza González, organizó los festejos del Centenario de la muerte del Coronel Miguel Brizuela, acto al que acudieron diversas personalidades, a saber: los representantes de los Gobernantes de Jalisco y Colima; el Jefe del Departamento de Educación Pública; los Cadetes del Heroico Colegio Militar de México; un contingente del ejército del estado; y nietos y biznietos descendientes del Coronel Brizuela.

Ese mismo día se trasladaron los restos del Coronel y su esposa, del cementerio del lugar al Bautisterio de la Parroquia.